Anarquistes, titellaires, independentistes, militants dels moviments socials han patit durant els últims anys diferents processos judicials sota la legislació antiterrorista a l'estat espanyol. "El gobierno del miedo" fa un recorregut per l'evolució sociojurídic del concepte de terrorisme. A partir d'entrevistes a periodistes, advocades, militants anticapitalistes, persones acusades d'organització terrorista el documental aborda qüestions com: Què és el terrorisme? Com es crea l'amenaça terrorista i com es legitima l'aplicació de la llei antiterrorista als moviments dissidents? La pel·lícula també analitza el context internacional i la denominada "guerra contra el terrorisme global" que comença després dels atemptats de l'11-S. D'aquesta manera s'intenta respondre preguntes com: És la guerra contra el terrorisme el nou colonialisme occidental? Tenen el mateix valor els morts civils en un atemptat de l'ISIS a França que els morts civils per un bombardeig americà a Síria o Pakistan? D'on treu l'armament Estat Islàmic?